deepvariant 基因变异识别算法docker版使用

参考：https://github.com/google/deepvariant

docker版安装

参考：https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.4/docs/deepvariant-quick-start.md
本文是windows上安装的deepvariant 1.4.0版本

docker pull google/deepvariant:1.4.0

docker版使用

案例参考：https://github.com/google/deepvariant/blob/r1.4/docs/deepvariant-quick-start.md

1）下载案例fasta、bam数据
https://storage.googleapis.com/deepvariant/quickstart-testdata/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta.fai
这里下载了如下四条数据

2）创建本地文件夹方便后续挂载到容器对应目录
创建了 deepvariant文件夹，下面放了input_dir、output_dir；然后把上面下载的4条数据放到deepvariant\input_dir\quickstart-testdata 下


3）docker windows运行

注意-v挂载，冒号前面是本机目录，后面是映射的容器里对应目录，windows里前面目录需要把斜杠\换成/

docker run  google/deepvariant:1.4.0   /opt/deepvariant/bin/run_deepvariant   -v C:/Users/lonng/Desktop/rdkit_learn/deepvariant/input_dir/quickstart-testdata:/input  -v  C:/Users/lonng/Desktop/rdkit_learn/deepvariant/out_dir/quickstart-output:/output    --model_type=WGS  --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta  --reads=/input/NA12878_S1.chr20.10_10p1mb.bam  --regions "chr20:10,000,000-10,010,000"  --output_vcf=/output/output.vcf.gz  --output_gvcf=/output/output.g.vcf.gz  --intermediate_results_dir /output/intermediate_results_dir   --num_shards=1

4）运行结果

output.visual_report.html 打开查看网页版结果