毒鸡蛋
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NGS 分析流程 （三）

NGS 分析流程 （三）

  • 一、注释
    • 1. SnpEff 注释
    • 2. bedtools过滤

一、注释

1. SnpEff 注释

代码如下（示例）：

all_marked_vcf=$1
prefix_anno_vcf=$2


isoform_v1.0.txt="isoform_v1.0.txt"





java -Xmx4g -jar /home/sunxj/software/SnpEff/target/SnpEff-4.4-jar-with-dependencies.jar \
-c /software/SnpEff/conf/snpEff.config \
-s ${prefix_anno_vcf}.html \
-onlyTr /ref/human/b37/sn

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