新手linux安装vasp_GPU版本的vasp5.4.4或者vasp6.1.0安装

一、VASP软件简介

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VASP(Vienna Ab-inito Simulation Package)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中十分流行的商用软件之一，VASP是基于贋势平面波基组的第一性原理密度泛函计算程序，VASP软件作为目前国内国际上权威的第一性原理计算软件，可以研究多种体系，包括金属及其氧化物、半导体、晶体、掺杂体系、纳米材料、分子、团簇、表面体系和界面体系等。

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二、安装环境说明

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1、硬件环境：X86架构服务器

2、Intel开发套件版本：parallel_studio_xe_2019_update5

3、安装用户：root用户，安装到/opt/software下

4、本次安装的系统版本：CentOS7.6x64

5、cuda环境版本：cuda10.1

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三、软件介质

所需软件介质vasp.5.4.4.tar.gz或者vasp.6.1.0.tgz

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四、软件安装步骤

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编译环境设置

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1、Intel编译器设置

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我们使用intel编译器编译vasp，使用intel MPI运行vasp

intel编译器的安装和设置步骤详见文章《Intel Parallel Studio XE 2019安装设置》一文

运行如下命令设置好编译环境

source /opt/intel/intel2019u5.sh

2、cuda环境设置

提前安装好cuda，本次安装环境安装的cuda版本为cuda10.1

运行如下命令设置好cuda环境

export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64

解压vasp

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vasp5.4.4和vasp6.1.0安装步骤基本一致

本次以vasp6.1.0安装为例

tar xvf vasp.6.1.0.tgz

cd vasp.6.1.0

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编译CPU和GPU版本的vasp

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1、 复制makefile文件

cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include

修改如下两行

CUDA_ROOT := /usr/local/cuda/MPI_INC = /opt/intel/impi/2019.5.281/intel64/include/

如果是vasp5.4.4,需要把下面一行的openmp改成qopnemp

CFLAGS = -fPIC -DADD_ -Wall -qopenmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS ##openmp改成qopenmp

2、 vasp5.4.4编译

make all

在bin下生成vasp_gam vasp_ncl vasp_std三个可执行文件

make gpu

在bin下生成vasp_gpu可执行文件

3、 vasp6.1.0编译

make all

在bin下生成5个可执行文件

vasp_gam vasp_gpu vasp_gpu_ncl vasp_ncl vasp_std 

vasp_std 默认版本

vasp_ncl 支持自旋轨道耦合的版本

vasp_gam 支持gamma的版本

若不明原因导致vasp崩溃，可以添加如下参数编译

使用该参数

FFLAGS = -assume byterecl -w -heap-arrays 64

五、CPU版本的vasp并行测试

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运行软件时需要用普通用户，如下操作用jingyang用户测试

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1、准备算例，放到~/vasp_test目录下

INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR

2、设置好intel环境变量

source /opt/intel/intel2019u5.shcd ~/vasp_test

3、单节点内并行测试

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mpirun -np 10 /opt/software/vasp.6.1.0/bin/vasp_std

4、多节点并行测试(前提配置好集群环境)

编辑host文件，内容如下

node01node02

运行

mpirun -machinefile host -np 20 /opt/software/vasp.6.1.0/bin/vasp_std

六、GPU版本的vasp并行测试

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运行软件时需要用普通用户，如下操作用jingyang用户测试

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1、准备算例，放到~/vasp_test目录下

INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR

注意运行GPU版本的vasp时INCAR需要设置如下参数

LREAL = .TRUE.

2、设置好intel环境变量

source /opt/intel/intel2019u5.sh

3、设置cuda环境变量

export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64

4、本此节点共有4个GPU卡，用如下命令运行

mpirun -np 4 /opt/software/vasp.6.1.0/bin/vasp_gpu

用nvidia-smi命令查看gpu的调用情况

七、VASP软件PBS脚本例子

#PBS -N vasp_test#PBS -l nodes=2:ppn=20#PBS -q batch#PBS -V#PBS -S /bin/bash### Set intel environment###source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64source /opt/intel/impi/2019.5.281/intel64/bin/mpivars.shcd $PBS_O_WORKDIRNP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$mpirun -machinefile /tmp/nodefile.$$ -n $NP /opt/software/vasp.6.1.0/bin/vasp_stdrm -rf /tmp/nodefile.$$rm -rf /tmp/nodes.$$

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