R语言ggplot2画图展示多变量两两之间相关系数

今天的推文介绍一下下图的实现方法

image.png

用到的数据集是小麦种子的数据集，实验室测量了3个品种的小麦种子7个指标，探究是否可以根据这些指标来区分小麦种子的品种，这7个指标分别是

• A 面积
• B 周长
• C紧凑度
• LK 长度
• WK 宽度
• A_coef 偏度系数
• LKG 腹沟长度

image.png

最后一个变量target是小麦所属种类，分别是0,1,2

数据集下载自kaggle网站，数据集大家可以自行下载，也可以在文末留言

实现文章开头提到的图用到的是GGally包中的ggpairs()函数，对应的帮助文档是 https://ggobi.github.io/ggally/reference/ggpairs.html

首先是读入数据

seed <- read.csv("kaggle/Seed_Data.csv",header=T)

对变量重命名

names(seed) <- c("Area", "Perimeter", "Compactness", "Length", "Width", "Asymetry.coef", "Grove.length", "Type")
head(seed)

将最后一列用于表示分类的变量转换成因子

seed$Type <- as.factor(seed$Type)

查看数据集的基本情况

tibble::glimpse(seed)

image.png

最后是展示两两相关系数

library(GGally)
ggpairs(seed[,1:7])

image.png

对图像进行美化

因为是ggplot2的扩展包，ggplot2的主题设置都可以往上叠加

library(GGally)
library(ggplot2)
ggpairs(seed[,1:7])
ggpairs(seed, showStrips = T,ggplot2::aes(color=Type)) + 
  theme(axis.text = element_text(colour = "black", size = 11),
        strip.background = element_rect(fill = "#d63d2d"),
        strip.text = element_text(colour = "white", size = 12,
                                  face = "bold"))

image.png

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参考链接

https://rpubs.com/nabiilahardini/wheatseed