python如何读取nii或img医学影像，以阿尔茨海默病影像为例。【3】

前两篇介绍了如何下载ADNI数据集，因为是初次使用csdn发布文章，所以格式上不那么美观，看看有机会有时间的话，我会进行更新的。
接下来，我来介绍python如何读取医学影像。

import numpy as np
import nibabel as nib
import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt
import os

首先引入一些库
其次，读取一张阿尔茨海默症图片

img2 = nib.load('ADNI_003_S_1059_MR_MPR__GradWarp__B1_Correction__N3__Scaled_Br_20090204182145245_S61129_I135245.img')

这里读取的是下载的ANALYZE格式的文件，详见前两篇博文。类型为.img文件。其实我们大多数使用的是.nii文件类型，进行相应的替换即可。

img2_data = img2.get_data()
img2_data.shape

这里是4维图像，维度为4。需要降维。

img2_data = np.reshape(img2_data, (160,192,192))

MRI影像图像可以很多切片罗列在一起的，所以我们可以看每一个切片。

这里就是取了第3个切片。然后，我们可以看一下这个图片的效果：
也可以存入一个csv文件，进行后期处理，如下：

np.savetxt('E:/AD_research_survey/new_3.csv', img2_01, delimiter = ',')

后期处理，其实有两个好用的工具，分别是fsl和spm，不知道大家用过没有，当然也直接可以在python中进行处理。看大家哪个用得熟练了。
下面简单介绍一下调整大小,用 opencv 或者其他工具，resize 一下